Ở những vùng mà Việt Nam Cộng hòa không kiểm soát được chặt chẽ thì lực lượng quân Giải phóng hoạt động mạnh. Lực lượng du kích tiến hành cảnh cáo, bắt giữ hoặc ám sát những người phục vụ cho quân đội Mỹ và các chỉ điểm viên trung thành với chính phủ Việt Nam Cộng hòa.

Riêng năm 1969, theo tuyên bố của Ngoại trưởng Mỹ William E. Colby, có hơn 6.000 người phục vụ cho Mỹ - VNCH bị ám sát, và 15.000 người bị thương. Trong số những người thiệt mạng có 90 viên chức xã và xã trưởng, 240 viên chức ấp và ấp trưởng, 229 người tản cư và 4.350 thường dân.[7]

Hệ thống nằm vùng của Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam một đối thủ có kinh nghiệm và tổ chức chặt chẽ, chính phủ Việt Nam Cộng hòa cần phải có các chuyên gia chiến tranh chính trị (political warfare) để đối phó. Trong hai năm 1967 và 1968, nỗ lực phối hợp tình báo (dựa chủ yếu vào các hoạt động của CIA) chống lại các cơ sở cách mạng được chủ trì bởi Tư lệnh quân đội viễn chinh Mỹ - tướng William Westmoreland. Đây là chương trình hợp tác quân sự và dân sự mang tên "Phối hợp và Khai thác tình báo" (Intelligence Coordination and Exploitation – ICEX) với nhiệm vụ là giúp đỡ và hỗ trợ chính phủ Miền Nam đương đầu với các mạng lưới cơ sở này. Lúc đầu, chương trình này (ICEX) nhận được rất ít chú ý và ủng hộ của chính quyền Nam Việt Nam. Chỉ khoảng vài chục đối tượng của Mặt trận Dân tộc nằm vùng bị bắt giữ mỗi tháng bởi các hành động đột kích và bắt bớ chủ yếu do các đơn vị CIA.

Đến khi hàng ngàn cơ sở cách mạng tự lộ mình để tham gia Cuộc tổng tấn công Mậu thân 1968, chương trình Phụng Hoàng bắt đầu thu được kết quả cao. Sự hỗ trợ và quan tâm của Việt Nam Cộng hòa cũng lên cao, chương trình này được chính thức phê chuẩn và mở rộng. Từ đó, các thành phần cảnh sát, quân đội và các tổ chức chính quyền cộng tác để đóng góp thông tin và hành động chống lại hạ tầng cơ sở của Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam.

Thành phần tham gia là các viên chức hội đồng xã, trưởng xóm, cảnh sát địa phương và lực lượng dân vệ. Khi có tin từ địa phương chỉ điểm thì quân đội được báo cáo để đối phó. Theo Hoa Kỳ, riêng năm 1968 sau cuộc Tổng công kích Tết Mậu Thân, hơn 13.000 cán bộ nằm vùng bị bắt hoặc giết qua chiến dịch Phụng hoàng.[1]

Chương trình Phụng Hoàng là nỗ lực sử dụng các nguồn tin tình báo, tiêu diệt các cá nhân trong mạng lưới nằm vùng. Một biện pháp của quân đội Mỹ nhằm vào mạng lưới cơ sở là bố ráp và truy lùng: quân đội bao vây một làng nghi vấn có Mặt trận Dân tộc hoạt động, sau đó tra hỏi rồi dời dân chúng đi nơi khác. Một số chiến dịch cũng dùng các biện pháp quân sự ví dụ như phục kích quân Giải phóng ở khoảng trống giữa các thôn ấp.

Trên giấy tờ, những cán bộ Mặt trận Dân tộc bị bắt giữ, đối xử như tội phạm hình sự, bị xử án và tù đày (hoặc hành hình), hoặc bị thuyết phục để ly khai hàng ngũ những người Cộng sản và quy hàng chính phủ.[9] Tuy nhiên, trên thực tế, rất nhiều người bị giết trong các cuộc đọ súng, đột kích hoặc bị hành hình tức khắc.

Tới năm 1969, khi chương trình Phụng Hoàng mất đi tính bí mật và thu hút sự chú ý của báo chí, CIA dần rút khỏi chương trình này. Các tổ chức bí mật của Mỹ được thế chân bởi các cố vấn tình báo quân sự Mỹ (quá trình này phát triển cùng tiến trình "Việt Nam hóa chiến tranh") và chú trọng vào huấn luyện, tổ chức nhân viên chính quyền Việt Nam Cộng hòa để duy trì áp lực với hệ thống cơ sở của Mặt trận Dân tộc. Các lực lượng chủ yếu được giao phó là Bảo an và Cảnh sát đặc biệt. Tháng 1 năm 1970, có khoảng 450 cố vấn quân sự Mỹ hỗ trợ chính quyền Việt Nam Cộng hòa trong khuôn khổ chương trình Phụng Hoàng. Sang năm 1972 thì Chiến dịch Phụng Hoàng được giao cho Cảnh sát Quốc gia điều hành. Cũng năm đó, cố vấn Mỹ rút khỏi vị trí trong Kế hoạch Phụng Hoàng. Một số rời sang các chương trình bình định nông thôn.

Cho đến thời điểm quân đội Mỹ rút khỏi Việt Nam năm 1973, kết quả của chương trình Phụng Hoàng không đều khắp, thậm chí khá khiêm tốn. Theo báo cáo của Hoa Kỳ, tổng kết thời gian 1968-1972, chiến dịch này đã giết 26.000 người, bắt 34.000 người (trong số đó 22.000 quy hàng), tức là trung bình mỗi năm có 12.000 người bị giết hoặc bị bắt[9] Kết quả nảỳ rõ ràng chỉ ảnh hưởng không đáng kể tới số lượng của quân Giải phóng (hơn 300.000 người vào năm 1968 và mỗi năm lại tuyển mộ thêm vài chục nghìn người).